December 10, 2021
De parte de SAS Madrid
187 puntos de vista

Lo deseable seg煤n la Comisi贸n Europea ser铆a secuenciar el 10% de los casos positivos para seguir detectando variantes y al menos el 5%; en octubre Espa帽a secuenci贸 “en torno a 3.000”, indica la vir贸loga del Instituto de Salud Carlos III Mar铆a Iglesias, lo que representa casi el 6%.

En pocos meses la mitad de los contagios de COVID-19 los causar谩 la variante 贸micron, calcula el Centro Europeo de Control de Enfermedades (ECDC). Despu茅s llegar谩 otra y m谩s tarde otra. El virus con el que convivimos desde hace dos a帽os ir谩 mutando y cambiando sus caracter铆sticas, pero eso no significa necesariamente que vaya a ser m谩s virulento. Detectar estas variantes, compararlas y dar aviso es el principal objetivo de la secuenciaci贸n. A principios de a帽o, la Comisi贸n Europea solicit贸 a los pa铆ses que incrementasen las tasas de secuenciaci贸n para que alcanzasen al menos el 5% y preferiblemente el 10% de los resultados positivos de las pruebas de COVID-19. En octubre, Europa secuenci贸 unas 300.000 muestras y Espa帽a alrededor de 3.000, seg煤n indica la microbi贸loga del Instituto de Salud Carlos III Mar铆a Iglesias, lo que supone casi un 6%.

Hasta ahora, alguna de las variantes detectadas, como la delta, han sido capaces de ir imponi茅ndose sobre las otras, pero no puede decirse que hayan sido m谩s agresivas. De hecho, explican los especialistas, el objetivo de todo virus es perpetuarse, convirti茅ndose en m谩s contagioso y menos virulento siempre que puede. “Todas las variantes han hecho lo que suelen hacer las variantes de los virus: ser cada vez un poquito m谩s contagiosos, pero m谩s leves”, asegura Carmen C谩mara, inmun贸loga y secretaria de la Sociedad Espa帽ola de Inmunolog铆a, que considera que las vacunas disponibles tambi茅n funcionar谩n con 贸micron. “Los virus lo que quieren es infectar a cuanta m谩s gente mejor, no matar a gente”, explica. 

Todav铆a se sabe muy poco de la nueva variante, que tiene 55 mutaciones y 32 en la prote铆na S. “Lo primero que dio miedo fue ver que ten铆a m谩s cambios de amino谩cido en la prote铆na S. Sabemos que hay 22 amino谩cidos en concreto que son muy importantes porque son los que est谩n recubiertos de az煤cares y hacen que los anticuerpos se peguen bien. Estos no est谩n cambiados”, argumenta C谩mara. “Parece ser que las vacunas, yo creo que s铆, van a valer tambi茅n para esta variante”.

Hasta ahora, alguna de las variantes detectadas, como la delta, han sido capaces de ir imponi茅ndose sobre las otras, pero no puede decirse que hayan sido m谩s agresivas. De hecho, explican los especialistas, el objetivo de todo virus es perpetuarse, convirti茅ndose en m谩s contagioso y menos virulento siempre que puede. “Todas las variantes han hecho lo que suelen hacer las variantes de los virus: ser cada vez un poquito m谩s contagiosos, pero m谩s leves”, asegura Carmen C谩mara, inmun贸loga y secretaria de la Sociedad Espa帽ola de Inmunolog铆a, que considera que las vacunas disponibles tambi茅n funcionar谩n con 贸micron. “Los virus lo que quieren es infectar a cuanta m谩s gente mejor, no matar a gente”, explica. 

Todav铆a se sabe muy poco de la nueva variante, que tiene 55 mutaciones y 32 en la prote铆na S. “Lo primero que dio miedo fue ver que ten铆a m谩s cambios de amino谩cido en la prote铆na S. Sabemos que hay 22 amino谩cidos en concreto que son muy importantes porque son los que est谩n recubiertos de az煤cares y hacen que los anticuerpos se peguen bien. Estos no est谩n cambiados”, argumenta C谩mara. “Parece ser que las vacunas, yo creo que s铆, van a valer tambi茅n para esta variante”.

La variante 贸micron parece m谩s contagiosa, pero todav铆a faltan estudios que confirmen ese aumento de la transmisibilidad o su nivel de virulencia, seg煤n ha explicado este jueves el Centro Europeo para la Prevenci贸n y Control de Enfermedades (ECDC). Se detect贸 por primera vez el 11 de noviembre en Botsuana y el n煤mero de pa铆ses que han notificado casos de 贸micron en la UE y en el mundo “sigue en aumento”, seg煤n confirma el organismo. La variante se detect贸 en Espa帽a el lunes 29 de noviembre.

Leer el genoma para encontrar cambios

El ECDC tambi茅n a帽ade que parece que 贸micron avanza con rapidez sobre la variante delta. “Seg煤n el modelo matem谩tico realizado por el ECDC, hay indicios de que 贸micron podr铆a causar la mitad de todas las infecciones por SARS-CoV-2 en la UE en los pr贸ximos meses”. En todo caso, los datos son limitados.

Detectar una versi贸n nueva del virus significa leer su genoma para encontrar cambios con respecto a la secuencia gen茅tica original (la que ten铆a el primer virus identificado) y esto se hace con la secuenciaci贸n de su ARN. El ARN de un virus es una especie de manual de instrucciones gen茅ticas que utiliza el virus en su desarrollo y funcionamiento. Si el ARN cambia, cambia el virus y su forma de atacar a las personas. Esto no siempre implica mayores consecuencias tras un contagio.

“Los cambios pueden causarle una ventaja al virus, una desventaja o ser neutros y que no tenga ning煤n efecto en las propiedades que tiene el virus”, explica Iglesias, que se dedica a la secuenciaci贸n del coronavirus en el Instituto de Salud Carlos III. La vir贸loga aclara que las apariciones de variantes no tienen por qu茅 conllevar que se aumente la transmisibilidad, aunque reconoce que las que se han ido imponiendo s铆 que han estado “relacionadas con un aumento de la transmisi贸n”. “Con esta nueva variante todav铆a no lo sabemos”.

“El virus, desde que se produjo el salto de especie desde el animal que fuera hasta el ser humano 鈥損rosigue la vir贸loga鈥 se va adaptando evolutivamente y mejorando en su capacidad para unirse a la c茅lula humana”. Explica sobre las mutaciones detectadas que el SARS-CoV-2 es un virus “muy transmisible”, pero de virulencia baja “en comparaci贸n con otros virus, porque los s铆ntomas que causa son leves”.

驴Qu茅 es la secuenciaci贸n?

La secuenciaci贸n consiste en una serie de t茅cnicas que utilizan los microbi贸logos para leer toda la informaci贸n gen茅tica de un organismo. Para el caso del coronavirus, se toma la muestra respiratoria, se extraen los 谩cidos nucleicos y a continuaci贸n se realiza un proceso de amplificaci贸n para aumentar la cantidad de material gen茅tico para la posterior secuenciaci贸n. La lectura de la informaci贸n gen茅tica del virus se realiza en unos equipos llamados secuenciadores y los resultados despu茅s se someten a an谩lisis bioinform谩tico. De este modo, se logra realizar una interpretaci贸n del contenido del genoma y detectar si existen mutaciones o cambios. Si es as铆, se compara con otros virus secuenciados previamente.

Los hospitales designados toman muestras de los positivos “sin ning煤n tipo de sesgo, como edad, g茅nero o si regresa de viaje” ya que este virus es de declaraci贸n obligatoria y el objetivo es “secuenciar todos los positivos posibles”. “En torno al 10% de todos los positivos que hay en el pa铆s se secuenciar谩n y veremos si en esas secuencias hay posibles cambios”, indica Iglesias.

En el mundo se han detectado por el momento cinco variantes de preocupaci贸n, dos de inter茅s y ocho bajo monitorizaci贸n, apunta la experta. “Espa帽a, ahora mismo, tiene bastante capacidad de secuenciaci贸n”, explica Iglesias. “La OMS estima que lo 贸ptimo ser铆a el 10% de los casos, y yo creo que el pa铆s est谩 preparado para responder ante este porcentaje”. A los esfuerzos actuales se sumar谩 una partida de cinco millones de euros concedida en septiembre de los proyectos europeos HERA-Incubator. Ese presupuesto ser谩 coordinado por el Instituto de Salud Carlos III e ir谩 a parar a las comunidades, para que puedan dotarse de m谩s tecnolog铆a y personal.

3.000 muestras en octubre, casi el 6%

Silvia Calz贸n, secretaria de Estado de Sanidad, dijo tras el Consejo Interterritorial del pasado jueves que Espa帽a est谩 secuenciando en torno al 5% de las muestras. Seg煤n ha confirmado un portavoz del Ministerio de Sanidad, en estos momentos, dentro de la secuenciaci贸n aleatoria, “se secuencian el 5% de las que se reciben en cada comunidad”. La misma fuente indica que tambi茅n existe una secuenciaci贸n dirigida, que es la que se realiza cuando “en alguna PCR llama la atenci贸n alg煤n gen que se sale de la norma”. “Estamos trabajando para hacer m谩s y mejor, pero sabiendo que el avance en el 煤ltimo a帽o y medio en microbiolog铆a ha sido muy grande”, a帽aden. 

En la Comunitat Valenciana, ese porcentaje crece hasta un 7%, seg煤n explica a elDiario.es Fernando Gonz谩lez-Candelas, miembro de la Unidad Mixta de Investigaci贸n en Infecci贸n y Salud P煤blica FISABIO-Universidad de Valencia.

Si nos fijamos en la cifra del mes de octubre aportada por Iglesias, las 3.000 muestras secuenciadas suponen casi el 6% de pruebas positivas. En octubre se registraron 50.015 casos de coronavirus por fecha de diagn贸stico, seg煤n ha publicado el Instituto de Salud Carlos III. El dato var铆a mes a mes “dependiendo de la incidencia”, explica Iglesias. “Casi todos los pa铆ses de Europa tienen buenos sistemas de vigilancia. Por eso es dif铆cil que se escape alguna variante”, concluye la microbi贸loga.

Gonz谩lez-Candelas admite que es dif铆cil saber con exactitud cu谩nto se est谩 secuenciando sobre el total de casos. “Deber铆a intentar llegarse al 10%, seg煤n la recomendaci贸n de la OMS, pero esta recomendaci贸n se hizo hace casi un a帽o y la situaci贸n ha cambiado bastante”, a帽ade. Su equipo lleva a帽os secuenciando virus y bacterias, aunque asegura que ahora mismo cuentan con mucho m谩s instrumental para seguir con este trabajo. El cient铆fico explica tambi茅n que el equipamiento “no lo es todo” y que tambi茅n hace falta personal y que lleguen reactivos sin interrupciones. “Si tuvieras todo el personal necesario y todos los suministros, podr铆as estar secuenciando continuamente, las 24 horas”. Que suba o baje la incidencia, en su opini贸n, no debe influir en el ritmo. “La idea es cuanto m谩s, mejor”.

Los expertos consultados coinciden en que es muy importante “establecer un buen sistema de vigilancia”. “Hay pa铆ses que no tienen esa capacidad econ贸mica porque la secuenciaci贸n es un procedimiento muy caro”, sostiene Iglesias. Si se pierde informaci贸n en algunos pa铆ses pueden surgir variantes como 贸micron “que lleven un tiempo circulando y que no hayan podido ser detectadas”. Para hacerse una idea, apunta la experta, “una carrera [proceso completo de secuenciaci贸n] de 96 muestras ser铆an unos 8.000 euros sin contar la mano de obra ni los secuenciadores, que seg煤n su gama y capacidad, pueden costar desde 85.000 euros a un mill贸n”.

“La secuenciaci贸n no incide sobre el tratamiento o pron贸stico de las infecciones, que es lo m谩s urgente. S铆 que incide sobre la preparaci贸n y las medidas”, dice Gonz谩lez-Candelas.

Alfa, delta y ahora 贸micron. Las variantes preocupantes o de inter茅s seguir谩n apareciendo y la 煤nica manera de detectarlas y de trazar un plan de actuaci贸n sobre ellas es seguir secuenciando el genoma del coronavirus en busca de mutaciones. Con ello, se podr谩n dise帽ar planes de salud p煤blica y seguir mejorando las vacunas.

Enlace relacionado ElDiario.es 09/12/2021.




Fuente: Sasmadrid.org